All’interno del corrodioio degli ex-voto in fondo, sulla destra, troviamo un’ampia scalinata a due rampe, che conduce nel Convento dei frati Mercedari. Sulle pareti della scalinata sono ben visibili sei bassorilievi scolpiti in legno e con una bella doratura, recentemente restaurati, che rappresentano i vari momenti dell’approdo della Madonna ai piedi della collina. Ci sono anche due grandi stemmi episcopali di prelati mercedari.

Sulla parete frontale, di fronte al pianerottolo dopo la prima rampa di scale, vi è un crocifisso molto bello, certamente di origine spagnola.
Al termine della scalinata appare in tutta la sua bellezza la Sala de Profundis, così chiamata perché i religiosi, prima di entrare nel refettorio per consumare i pasti, erano soliti fermarsi a pregare per i loro confratelli defunti. Questa sala, al cui centro vi è una cupola molto graziosa, è una piccola pinacoteca, piena di quadri a soggetto mercedario, di Santi ecc… C’è anche il bozzetto del monumento a Paolo VI ed altri oggetti artistici.

Una porta sul fondo ci porta in quello che viene chiamato l’appartamento reale, in quanto in esso alloggiavano i Re quando venivano a Bonaria o i Vicerè prima di prendere la loro carica. Anche gli Arcivescovi di Cagliari prima di entrare solennemente nella Diocesi, venivano (e vengono tuttora) a Bonaria alloggiando in questo appartamento. Da qualche tempo qualcuno chiama queste stanze l’appartamento del Papa, in quanto vi hanno sostato due Papi Paolo VI e Giovanni Paolo II in occasione della loro visita al Santuario.

E’ composto da tre grandi stanze, arredate con mobili d’epoca. La prima sulle pareti presenta ritratti di Cardinali e Vescovi mercedari. La seconda è l’anticamera; alcuni armadi posti in questa stanza custodiscono libri preziosissimi, introvabili, catalogati ed alcuni restaurati dalla Soprintendenza.

Infine vi è la stanza da letto, dove sono custoditi alcuni oggetti antichi e particolarmente preziosi come un artistico Crocifisso, un simulacro dell’Immacolata e qualche mobile di pregevole fattura.
Uscendo dall’appartamento reale, sul lato sinistro, c’è la porta di accesso al grande refettorio, un’altra pinacoteca con quadri mercedari, Madonne, Santi e personaggi illustri vissuti nel Convento di Bonaria.

Ritornando verso la scalinata ci troviamo, dopo alcuni gradini sulla destra, in un corridoio pieno di quadri di Vescovi mercedari, molti dei quali vissuti a Bonaria. Sulla destra, dopo i gradini, un’ampia porta conduce alla Biblioteca, molto ricca di antiche opere e in via di sistemazione sia per quanto riguarda la scaffalatura che la collazione dei libri.

Da una stanza in fondo al vasto locale una scala piuttosto disagevole conduce alla Torre Aragonese dall’alto della quale si gode il meraviglioso panorama del Golfo degli Angeli e della città di Cagliari.